Koncepcja zarządzania serwerem IIS jest trochę inna niż w Apache’u. Występuje tu enigmatyczny podział na Websites, Applications i Virtual Directories. Dodatkowo występują pewne ściśle określone relacje zawierania. Znajomość i zrozumienie funkcjonowania tych mechanizmów w znaczny sposób może ułatwić efektywne zarządzanie serwerem.

Tak więc Websites są głównymi elementami, każdy serwer www zawiera ich o 0 do n. Dodatkowo każdy Website składa się z Application przy czym zawsze występuje tzw root application (/). Żeby tego było mało, każda aplikacja zawiera przynajmniej 1 Virtual Directory tzw. root virtual directory. Dla łatwiejszego zrozumienia zamieszczam rysunek:
iis_structure
Website jest takiem kontenerem do którego można się dostać poprzez zmapowany protokół lub adres IP.
Aplikacja jest grupą plików i katalogów które w sumie tworzą zawartośc strony lub dostarczają usług za pośrednictwem protokołów takich jak choćby HTTP. Do stworzonej aplikacji można się dostać podając nazwę aplikacji w adresie URL. W IIS 7 każdy Website musi zawierać 1 aplikacje – domyślną. nic nie stoi natomiast na przeszkodzie żeby było ich więcej. Na przykład w zastosowaniu e-commerce 1 aplikacja może odpowiadać za koszyk, a inna za uwierzytelnianie.
Virtual Directory to taki wskaźnik który ustawia się na rzeczywisty folder istniejący na lokalnej lub zdalnej maszynie. Za pomocą takie wskaźnika, poprzez dopisanie jego nazwy w adresie URL po nazwie aplikacji, można się dostać do tej fizycznej lokalizacji. Mechanizmu VD można użyć w celu zamaskowania rzeczywistej struktury katalogów, podając inną nazwę wskaźnika niż nazwa rzeczywistego katalogu. Oprócz wymaganego Root Vitrual Directory zawierającego np. kod strony można utworzyć dodatkowe Wirtualne Katalogi jesli chce się korzystać z obrazków, mediów lub innych plików umieszczonych w innych miejscach na dysku.